

Historia badań zamku w Brodnicy sięga lat XIX w., kiedy to C. Steinbrecht, opierając się na wcześniejszych planach Giesego z 1820 r. wykonuje pierwszą inwentaryzację zamku krzyżackiego w Brodnicy. Sporządza on topografię zamku oraz przedzamcza i wykonuje sześć rzutów wieży zamkowej. W roku 1891 kolejną inwentaryzację ruin zamkowych wykonuję J. Heisse. Pierwszy projekt prac konserwatorskich sporządzony w 1909 r., zakładał naprawę blanków wieży i uporządkowanie jej wnętrza. W 1937 r. kolejne prace konserwatorskie pod nadzorem J. Chyczewskiego obejmowały pogłębienie fosy, rekonstruując jej pierwotną, średniowieczną głębokość i odkrywając jej pierwotny przebieg. Odgruzowano zachodnią partię zamku od strony Drwęcy, odkryto część fundamentów oraz ustalono poziom dawnego dziedzińca zamkowego. Badania kontynuowane były w 1938 roku. Na poziomie parteru i fundamentów odkryły fragmenty XIV-wiecznej posadzki terakotowej, której pozostałości nie zachowały się do dnia dzisiejszego.
W okresie okupacji, w latach 1940 – 1941, dalszymi badaniami zamku kierował B. Schmid, w trakcie, których odkryto część piwnic w zachodnim skrzydle. Po wojnie Toruńskie Pracownie Konserwacji Zabytków (PKZ) wykonały prace pomiarowe i projektowe na terenie zamku i przedzamcza.
W latach 1969-1976 na zamku miały miejsce prace konserwatorsko-adaptacyjne, których celem było zabezpieczenie i przystosowanie zamku do celów użytkowych. W 1969 r. PKZ rozpoczęły prace w skrzydle zachodnim, odsłaniając południową piwnicę oraz prace w skrzydle południowym. W roku 1970 przystąpiono do odkrywania krużganków południowego i wschodniego, w którego części odkopano piwnice. Niestety w trakcie tych badań nie uczestniczył archeolog, stąd brak informacji o stratygrafii oraz brak kontekstu kulturowego odkrytego materiału zabytkowego. Dopiero w 1970 r. prace na obszarze dziedzińca zamkowego nadzorował archeolog Andrzej Kola z Katedry Archeologii UMK w Toruniu. Prace te poskutkowały odsłonięciem średniowiecznego bruku oraz rynien biegnących w kierunku bramy zamkowej.
Kolejnym etapem prac rewaloryzacyjno – konserwatorskich prowadzonych przez Toruńskie PKZ w latach 1970-1976 była adaptacja piwnic zamkowych dla potrzeb planowanej kawiarni. W latach tych, oprócz dalszych prac renowacyjnych w skrzydle południowym, udostępniono dla zwiedzających wieżę zamkową, zabezpieczono również ceglaną studnię.


W 1987 roku po przejęciu obiektu przez Muzeum w Brodnicy podjęte zostały prace porządkujące teren zamku oraz prace eksploracyjne piwnic w skrzydle wschodnim. Po 1990 r. eksploracji poddane zostały nieodkryte dotąd piwnice w skrzydle północnym. To tam autor badań K. Grążawski, archeolog z brodnickiego muzeum, odkrył pierwszy piec typu hypocaustum, przylegający do studni zamkowej. W 1995 r. na wysokości nasady mostu zwodzonego, odsłonięto kolejna piwnicę na północ od szyi bramnej i odkryto tam drugi piec typu hypocaustum. A w roku 1997 K. Grążawski dokończył rozpoczęte w 1992 roku prace eksploracyjne studni zamkowej.


Dalsze badania zamku w Brodnicy po roku 2000 skupiły się głównie na badaniach gabinetowych. W latach 2012 -2016 pojawiają się liczne opracowania tyczące się tematyki zamku. W tym czasie udało się badaczom zlokalizować na podstawie analizy źródeł pisanych lokalizację infirmerii, łaźnię, wozownię, dokładną lokalizacje stajni, słodowni i przypuszczalnie skarbca zamkowego. Dodatkowo w 2016 roku zamek doczekał się rozpisania poszczególnych faz budowy. A w 2024 roku rozpoczęto archeologiczne badania sondażowe w północno-zachodniej części parchamu, mające potwierdzić pierwotna lokalizacje tzw. „gemachu” (domu) komtura brodnickiego oraz pierwszej lokalizacji siedziby starosty brodnickiego.