
Zamek krzyżacki był tak naprawdę ufortyfikowanym klasztorem. Życie na zamku podporządkowane było więc ściśle regule zakonnej, a każde z odstępstw od niej było surowo karane.
Brodnicki zamek zbudowano z cegieł na kamiennej podmurówce. Była to budowla dwukondygnacyjna, podpiwniczona, z dwuspadzistym dachem krytym dachówką. Zespół zamkowy składał się z zamku wysokiego wzniesionego na planie kwadratu o boku ok. 45 m, oraz dwuczłonowego przedzamcza. Zarówno zamek, jak i przedzamcze były ufortyfikowane. Warownię od strony wschodniej i południowej otaczała fosa, od strony zachodniej dostępu broniła rzeka Drwęca. Część zachodnia przedzamcza- bliższa zamku, oddzielona była od części wschodniej murem (obecnie przylegającym do Pałacu Anny Wazówny) oraz fosą. Przez zamkową fosę przerzucony był most zwodzony, znajdujący się przy bramie zewnętrznej. Po ewentualnym sforsowaniu pierwszej z bram, na atakujących czekała jeszcze druga środkowa brama, znajdująca się bezpośrednio przy wieży zamkowej oraz trzecia wewnętrzna w sąsiedztwie dawnej wartowni – dzisiejszego budynku kasy (do dziś w murach zachowały się kamienne elementy konstrukcji bramnych). Dopiero po pokonaniu wspomnianych elementów obronnych można było dostać się na dziedziniec, skąd przez zadaszone krużganki wchodziło się do zamkowych pomieszczeń, dziś niestety już nieistniejących.
Krużganki
Otaczały zamkowy dziedziniec i pozwalały załodze na dostęp do pomieszczeń na piętrze. Były one też świadkami konfliktów i przestępstw popełnianych przez braci. Na krużgankach jeden z zakonników zasztyletował wielkiego mistrza Wernera von Orseln.

Z narożników budowli wyrastały trzy kwadratowe wieżyczki obronne, zaś czwarta najwyższa wieża o wysokości 54 m, sześcioboczna u podstawy, ośmioboczna w górnych kondygnacjach, zbudowana została osobno w północno-wschodnim narożniku. Do dziś poza piwnicami, jest to jedyny zachowany fragment zamku Na dziedzińcu, w całości wyłożonym kamiennym brukiem, zaobserwować można biegnące wzdłuż murów zamku rowy ściekowe, którymi woda spływająca z dachu odprowadzana była w kierunku bramy. Pomieszczenia przyziemia, otaczające dziedziniec, były tzw. obiektami pierwszej potrzeby. Były tu między innymi: stajnia, wozownia oraz różnego rodzaju warsztaty rzemieślnicze, zatem pomieszczenia, do których niezbędny był szybki dostęp z dziedzińca. To również w przyziemiu, od strony północnej, znajdowała się zamkowa kuchnia oraz – bliżej wieży- wartownia, sięgająca dawniej I piętra. Obok budynku wartowni (w którym obecnie mieści się kasa) widoczna jest zakratowania studnia, służąca dawniej Krzyżakom jako punkt czerpania wody. Obok studni znajduje się niewielka piwniczka bez otworu wejściowego, pełniąca funkcję kuchennej spiżarni lub chłodni.
Piwnice, które zachowały się bez sklepień, kryją w sobie kilka ciekawostek architektonicznych. W piwnicy w części północnej (za studnią) odkryto pozostałości pieca typu hypocaustum, co świadczy o tym, iż brodnicka warownia posiadała system centralnego ogrzewania. Do dziś zachowały się fragmenty ceglanych żeber oraz część komory paleniskowej. Ciepłe powietrze rozprowadzane było do zamkowych pomieszczeń specjalnymi kanałami grzewczymi. Fragmenty jednego z nich zaobserwować można w piwnicy od strony zachodniej (bliżej Drwęcy).
Najważniejsze i najbardziej reprezentacyjne pomieszczenia zamkowe znajdowały się na pierwszej kondygnacji.
Sercem zamku była kaplica, zbudowana w południowo-wschodnim narożniku. To właśnie w tutejszym oratorium pod wezwaniem Najświętszej Marii Panny skupiało się duchowe życie członków konwentu. Poza codziennymi nabożeństwami, celebrowano tu ważne uroczystości, takie jak pogrzeby czy przyjmowanie nowych członków w szeregi zakonu. Kaplica brodnickiego zamku miała bogaty wystrój i wyposażenie, zarówno jeśli chodzi o detale architektoniczne, jak i sprzęty liturgiczne. Od zewnątrz zaopatrzona była w ozdobne szczyty oraz okna wypełnione kolorowym witrażami. Wewnątrz w ołtarzu głównym widniała marmurowa figura Marii Panny z Dzieciątkiem, zaś ściany oratorium zdobiły m.in. kamienne polichromowane figury dwunastu apostołów. Samo pomieszczenie nie dotrwało do obecnych czasów, jednak część jego wyposażenia- m.in. fragmenty rzeźb i architektonicznych detali obejrzeć dziś można na wystawie w piwnicach zamkowych.
We wschodnim skrzydle obok kaplicy znajdowało się kolejne ważne pomieszczenie, czyli kapitularz. To w nim członkowie konwentu pod przewodnictwem komtura zbierali się na narady, podczas których omawiano m.in. porządek dnia, sprawy wojskowe czy kwestie polityczne.
W zachodnim skrzydle od strony Drwęcy mieściło się dormitorium, czyli sypialnie braci rycerzy. Przylegały do niego osobne izby należące do komtura i komtura domowego, pozostali bracia spali w jednym wspólnym pomieszczeniu. Ich obowiązkiem było spanie w odzieży, aby w razie niebezpieczeństwa móc szybko stanąć do obrony zamku.

Dormitorium
To wspólna sypialnia braci rycerzy. Każdy z nich miał osobne łóżko. Łózka oddzielone były od siebie przepierzeniem z płótna, aby zachować dla każdego odrobinę prywatności. Zakonnicy nie rozbierali się do snu. Spali w ubraniach i obuwiu. Reguła zakonna nakazywała, że muszą być w każdej chwili gotowi do walki, stąd brał się taki nakaz.
W niewielkiej odległości od pomieszczeń sypialnych, ale wysunięte już poza obręb murów warowni w kierunku Drwęcy znajdowało się gdanisko, inaczej dansker, czyli krzyżacka toaleta. Miała ona formę czworobocznej wieżyczki, połączonej z resztą zamku zadaszonym gankiem w kształcie półkolistego łuku. Poza funkcją toalety, dansker mógł pełnić też rolę ostatniego punktu obrony, dlatego też magazynowano w nim pewną ilość broni na wypadek ataku nieprzyjaciela. Do dziś jego pozostałości widoczne są przy Drwęcy w postaci resztek ceglanego muru.
Również na pierwszej kondygnacji, od strony południowo-zachodniej, znajdowało się infirmerium, czyli zamkowy szpital, który dawniej sięgał prawdopodobnie II piętra. To tu opiekowano się chorymi członkami konwentu oraz opatrywano rannych po bitwach.

Infirmeria
Pełniła jednocześnie kilka funkcji: szpitala i domu spokojnej starości. Leczono tam choroby, ale przede wszystkim rany odniesione w walce. Bracia niedołężni, w podeszłym wieku, mogli liczyć tam na spokojną starość aż do śmierci. Infirmerie znajdowały się m.in. na zamkach w Brodnicy, Toruniu, Gdańsku, Elblągu.

W narożniku północno zachodnim mieścił się refektarz czyli sala jadalna braci-rycerzy, gdzie członkowie konwentu zbierali się dwa razy w ciągu dnia na spożywanie posiłków.
Na drugim piętrze zamku mieściła sie główna zbrojownia oraz magazyny na zboże, które było jednym z głównych towarów eksportowych brodnickiej komturii To właśnie brodnicki zamek uważany był za jeden z największych spichrzów na terenie państwa zakonnego.